Generaldirektören är myndighetschef och leder arbetet vid Strålsäkerhetsmyndigheten. Myndigheten har ett insynsråd som utövar insyn i verksamheten och ger myndighetschefen råd.
Myndigheten är uppdelad i tre avdelningar och ett sekretariat:
- Avdelningen för kärnkraftssäkerhet
- Avdelningen för radioaktiva ämnen
- Avdelningen för strålskydd
- Sekretariatet för internationellt utvecklingssamarbete
Dessutom finns tre stödavdelningar:
- Administrativa avdelningen
- Stab
- Kommunikationsavdelningen
Organisationsschema för Strålsäkerhetsmyndigheten