Kärnkraftsindustrin betalar en avgift per producerad kilowatt timme. Avgifterna ska finansisera rivning av kärnkraftverken och byggandet av slutförvaret. Även de kostnader Strålsäkerhetsmyndigheten har för att pröva SKB:s tillståndsansökningar finansieras av medel ur Kärnavfallsfonden.
Kärnkraftsindustrin för över pengarna till statliga Kärnavfallsfonden, som förvaltar dem. Hur pengarna ska användas regleras i finansieringslagen.